论文开题：半夏TRAP遗传多样性研究

目录/提纲：……
1、改良CTAB法提取半夏DNA纯度可以再加强
2、TRAP-PCR扩增体系程序的优化
3、分子标记结果由于样本多，条带数量庞大，统计复杂，需要仔细细心统计
1、研究思路、方法和步骤：1,提取半夏基因组DNA
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大学本科毕业论文(设计)开题报告
学院：化工学院　　　　　　　　　　　　　专业班级：08园艺（观赏园艺）

课题名称 半夏TRAP遗传多样性研究

1、本课题的的研究目的和意义：
课题目的：
近年来由于市场的需求，半夏的种植每年逐渐增加。但由于盲目的引种，栽培不规范及栽培环境的不合格等原因，导致半夏种内基因变异及品种退化，药材产量下降和质量不合格，严重影响了经济效益。因此，需要开展关于半夏遗传多样性研究，探索其遗传变异规律，为半夏植物分类和品种鉴定提供依据，同时也为半夏的引种和新品种选育提供理论基础和应用基础。

课题意义：
目前我国关于半夏分子生物方面的研究报道较少，尤其缺乏在DNA水平上的遗传多样性研究，限制了半夏资源的开发利用。此次研究也是弥补和充实了我国在这方面的研究。


2、 文献综述（国内外研究情况及其发展）：
遗传多样性是生物多样性
……（新文秘网https://www.wm114.cn省略635字，正式会员可完整阅读）……　
CR的分子标记，2003年被提出至今，已经成为多种植物的研究[10]。

TRAP是在SRAP标记技术基础上开发的新型分子标记技术[11]。该技术借助大规模测序技术所产生的表达序列标签（E*pressed Sequence Tag ,EST）数据库信息和生物信息学工具，设计扩增用的引物，从而实现对序列区进行扩增产生多态性分子标记目的。TRAP-PCR有其特殊反应程序，开始几个循环采用非严谨退火温度，允许一些错配，便于引物与把DNA的结合，后几次循环采用严谨退火温度，保证了扩增引物产物的特异性[12]。TRAP可以在分子水平鉴别半夏不同品种。为不同产地半夏鉴定提供新方法，为半夏种质资源和遗传多样性研究提供一定科学依据[13]。
根据TRAP标记产生的条带，用统计的方法进行分析。进行条带的统计与赋值形式。遗传相似性系数及相异系数的计算；多态性位点百分率的计算；多态性信息量的计算和聚类分析。以此来完成半夏种质资源遗传多样性的分析。


3、 本课题的主要研究内容（提纲）和成果形式：
主要研究内容：
1，提取半夏基因组DNA。
2，对提取的半夏基因组DNA进行纯度检测。
3，将所有种质DNA调整到相同并适宜浓度。
4，设计固定引物，并从其与SRAP的任意引物组合中筛选出扩增效果良好的引物进行遗传多样性检测。
5，用已筛选的引物用TRAP法进行分子标记。
6，对标记产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳多样性检测。
7，对电泳条带进行多样性分析。

成果形式：
1， 半夏的TRAP聚类图。
2， 半夏TRAP条带多态性条带百分率统计表。
3， 半夏不同居群遗传多样性水平表。
4、 拟解决的关键问题

1、 改良CTAB法提取半夏DNA纯度可以再加强。
2、TRAP-PCR扩增体系程序的优化。
3、分子标记结果由于样本多，条带数量庞大，统计复杂，需要仔细细心统计。

1、 研究思路、方法和步骤：
1,提取半夏基因组DNA。
用改良CTAB法，在液氮冷冻研磨前提下提取半夏基因组DNA。并用琼脂糖凝胶电泳对提取的DNA进行检测，条带整齐单一的样本选作为分子标记的基因组。
2，TRAP-PCR扩增体系建立。
建立并优化TRAP-PCR反应体系。选取模板，考察Taq聚合酶、dNTPs、Mg2+、引物四种因素的反应浓度变化对扩增结果的影响，得到稳定、重复性好的反应体系。经分析得出最佳反应体系，并检测。检测结果能够扩增出较清晰的条带，且稳定性较好，说明该反应体系适合半夏TRAP-PCR反应。
3，TRAP-PCR引物筛选。
在不同的引物组合中，扩增效果存在明显差异。有一些引物组合无扩增条带，而一些引物条带较少，而且模糊难以辨认，有些引物扩增出条带谱较弱，另一些扩增的谱带很强，但背景很深。需要进一步筛选扩增条带清晰的引物组合。
4， 遗传多样性分析。
用聚丙烯酰胺跑完条带后，分别进行多态性分析，遗传多样性及_结构分析和聚类分析。这也是下一步需要做的重点工作。

1、 本课题的进度安排：
（1）2012年2月：半夏DNA基因组提取，检测；
（2）2012年3月：用TRAP法对半夏基因组分子标记；
（3）2 ……（未完，全文共3528字，当前仅显示1781字，请阅读下面提示信息。收藏《论文开题：半夏TRAP遗传多样性研究》）