目录/提纲:……
2、通过查阅文献,了解Bioedit、CalTool等软件的使用
3、通过查阅文献,查找并获得乙醇脱氢酶的ID号及最适温度
4、通过查阅文献,初步了解氨基酸组成及最适温度的关系
3、利用定量构效关系研究乙醇脱氢酶理化参数与生物活性之间的关系
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大学本科毕业论文(设计)开题报告
学院: 化工学院 专业班级:2009级生物工程
课题名称 乙醇脱氢酶定量构效关系研究
1、本课题的的研究目的和意义:
利用构建乙醇脱氢酶氨基酸组成和最适温度的支持向量机模型,并运用均匀设计优化及其运行参数结构来预测氨基酸组成和最适温度的关系,以及利用定量构效关系的研究来预测乙醇脱氢酶的理化参数及结构参数与其生物活性之间的关系。
2、 文献综述(国内外研究情况及其发展):
乙醇脱氢酶(EC 1.1.1.1, ADHs)又名乙醇:辅酶氧化还原酶,分布广泛,大量存在于人和动物肝脏、植物及微生物细胞中,是一种含锌金属酶,具有广泛的底物特异性。作为生物体内主要的短链醇代谢的关键酶,它在很多生理过程中起着重要作用。目前从很多生物中都分离到。来源于微生物的乙醇脱氢酶吸引了更多的研究者的关注,这是由于它能用于合成或修饰一些高价值的
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张光亚等主成分分析的神经网络及其在木聚糖酶最适pH建模中的应用。 张光亚 方柏山,木聚糖酶氨基酸组成与其最适温度的神经网络数学模型,即是使用计算机模拟预测氨基酸组成与最适温度的关系的研究。
3、 本课题的主要研究内容(提纲)和成果形式:
主要内容:
1、 通过查阅文献,掌握定量构效关系研究方法,及均匀设计法等技术的运用。
2、 通过查阅文献,了解Bioedit、CalTool等软件的使用。
3、 通过查阅文献,查找并获得乙醇脱氢酶的ID号及最适温度。
4、 通过查阅文献,初步了解氨基酸组成及最适温度的关系。设计出实验方案,根据实验方案安排实验。
5、 通过查阅文献,按照文献方法进行实验,通过计算机模拟预测氨基酸组成与最适温度的关系,并且用数理统计方法建立其理化参数与生物活性之间的定量关系,从而预测其生物活性的变化。
成果形式:以数学模型和
论文的形式提交成果。
4、拟解决的关键问题:
1. 熟练掌握定量构效关系和均匀设计方法等技术,以及一些相关软件的使用。
2. 利用均匀设计方法及一些优化方法研究氨基酸组成和最适温度之间的关系。
3. 利用定量构效关系研究乙醇脱氢酶理化参数与生物活性之间的关系。
5、研究思路、方法和步骤:
1、查找文献获得乙醇脱氢酶的ID号和最适温度,并通过NCBI查找出其氨基酸序列。
2、根据CalTool软件找出乙醇脱氢酶的氨基酸组成及其分段氨基酸组成。
3、通过基于均匀设计的线性核函数SVM参数优化及基于均匀设计的RBF核函数SVM参数优化等方法进行拟合,分析乙醇脱氢酶氨基酸组成与最适温度的关系。
4、利用定量构效关系研究乙醇脱氢酶理化参数或结构参数与生物活性之间的关系,以及其理化参数或结构参数的改变,而其生物活性的改变情况。
6、本课题的进度安排:
2月24日-3月10日:查阅相关文献,了解均匀设计方法等技术,以及一些相关软件的使用。
3月11日-4月4日:查阅相关文献,获得乙醇脱氢酶的ID号及其最适温度,通过一些软件的使用查找氨基酸序列和氨基酸组成。此外,通过一些函数拟合出氨基酸组成和其最适温度之间的关系。
4月5日-4月25日:查阅相关文献,根据拟合的实验结果,选取比较适合的实验数据,根据定量构效关系进行实验并获得较为准确的实验数据。
4月26日-5月10日:根据实验结果,分析出乙醇脱氢酶的氨基酸组成与最适温度的关系,乙醇脱氢酶的理化参数或结构参数与生物活性之间的关系,以及理化参数或结构参数的变化与生物活性变化之间的关系。
5月11日-5月30日:整理数据,完成毕业论文并上传论文,准备答辩。
7、参考文献:
[1] Hidehiko H, Noriho K, Yutaka K, et al. Properties of an alcohol dehydrogenase from the hyperthermophilic archaeon Aeropyrum perni* K1. J Biosci Bioeng 2004, 97(3): 202-206
[2] Reid MF, Fewson CA. Molecular characterization of microbial alcohol dehydrogenases. Crit Re ……(未完,全文共3634字,当前仅显示1835字,请阅读下面提示信息。
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